W przypadku otrzymania faktury dokumentującej nabycie towarów z kraju trzeciego, należy zwrócić uwagę na następujące aspekty podczas księgowania takich dokumentów.
Zakup towarów z kraju trzeciego (spoza UE) potwierdzony jest fakturą, ale także dokumentem celnym związanym z obowiązkiem dokonania odprawy i zapłaty cła (choć nie zawsze) oraz podatku VAT. W związku z powyższym księgowaniu podlegają oba dokumenty.
W pierwszej kolejności wprowadzamy dane z faktury otrzymanej od kontrahenta, uzupełniamy dane kontrahenta, numer faktury, daty, walutę i kurs waluty. W danych związanych z ewidencja VAT wpisujemy np.

W następnej kolejności przechodzimy do zakładki Księgowość > VAT naliczony > Dodaj Zapis.
W otwartym oknie uzupełniamy dane związane z numerem dowodu, gdzie wpisujemy numer zgłoszenia celnego, deklaracji importowej lub decyzji. W danych kontrahenta wpisujemy dane nadawcy lub eksportera (będzie to najczęściej kontrahent, od którego kupujemy towar). Data dokumentu będzie datą widniejącą na powyższym dokumencie.
W kolejnym kroku przechodzimy na zakładkę JPK i oznaczmy informację IMP - niezbędną do prawidłowego wykazania podatku w deklaracji JPK_V7.

Na dokumencie celnym znajduje się często także kwota naliczonego cła (pod pozycją A00). Cło jest kosztem zakupu. Może ono zostać zaksięgowane bezpośrednio w koszty. W tym wypadku księgujemy je do kolumny 10 podatkowej księgi przychodów i rozchodów, gdyż jest to koszt powiększający wartość zakupionych towarów. Jeśli prowadzimy gospodarkę magazynowa to cło powiększa wartość towarów przyjętych do magazynu.