Nabywca otrzymał fakturę wystawioną poza KSEF – skutki w PIT oraz w VAT

Czy w związku ze zbliżającym się terminem obowiązkowego stosowania systemu KSeF nabywca będzie mógł bez przeszkód ująć w kosztach uzyskania przychodów oraz odliczyć podatek VAT z faktury otrzymanej poza systemem KSeF?

Czym jest krajowy System e-Faktur

Krajowy System e-Faktur to system zarządzany przez Szefa Krajowej Administracji Skarbowej służący do wystawiania przez przedsiębiorców i inne podmioty faktur sprzedaży w określonym ustrukturyzowanym formacie.

W aktualnym stanie informacji o KSEF Ministerstwo Finansów określiło dwie graniczne daty rozpoczęcia obowiązkowego stosowania KSEF tzn.:

1. od 1 lutego 2026 r. KSEF rozpoczynają stosować duże firmy, czyli takie, które za rok 2024 wykazały wartość sprzedaży w kwocie powyżej 200 mln zł (razem z podatkiem VAT),
2. od 1 kwietnia 2026 r. dla pozostałych podatników.

Jakie dokładnie zadania realizuje i będzie realizował KSEF? Wyjaśnienia na ten temat dostarcza art. 106nd ust. 2 ustawy z dnia 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2025 r. poz. 775 zwanej dalej ustawą o VAT) który to informuje, iż KSEF:

• nadaje, zmienia lub odbiera uprawnienia do korzystania z KSEF,
• powiadamia niektóre podmioty, o nadanych uprawnieniach do korzystania z KSEF lub ich odebraniu
• uwierzytelnia oraz weryfikuje uprawnienia do korzystania z KSEF, posiadane przez niektóre podmioty,
• umożliwia wystawianie faktur ustrukturyzowanych,
• umożliwia odbiór faktur ustrukturyzowanych,
• archiwizuje faktury ustrukturyzowane,
• oznacza faktury ustrukturyzowane unikalnym numerem identyfikującym,
• analizuje i kontroluje prawidłowości danych wynikających z faktur ustrukturyzowanych.

Słowo o obowiązku wystawiania faktur przy użyciu KSEF

Począwszy od:

1. lutego 2026 r. KSEF rozpoczynają stosować duże firmy, czyli takie, które za rok 2024 wykazały wartość sprzedaży w kwocie powyżej 200 mln zł (razem z podatkiem VAT), oraz
2. kwietnia 2026 r. dla pozostałych podatników

- ww. podatnicy mają obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych przy użyciu KSEF.

Wyjątki od reguły przewidziano w art. 106ga ustawy o VAT.

Natomiast będą zapewne zdarzać się przypadki, w których sprzedawcy zobowiązani do stosowania KSEF nie wystawią faktur ustrukturyzowanych przy użyciu KSEF a wystawią je poza KSEF np. w formie elektronicznej albo papierowej. Należy jednak pamiętać o tym, że w okresie obowiązkowego stosowania KSEF będzie to uchybienie podlegające karze grzywny.

Taka sama kara spotka podatnika, który

• w okresie trwania awarii KSEF albo innej niedostępności KSEF albo w przypadku wystawienia faktury poza KSEF i nie przesłania jej do KSEF wystawił fakturę niezgodnie z wzorem udostępnionym w KSEF,
• nie przesłał w wymaganym terminie do KSEF faktury wystawionej zgodnie ze wzorem KSEF po awarii KSEF albo po innej niedostępności KSEF albo w pozostałych przypadkach wystawienia faktury poza KSEF i obowiązku jej przesłania do KSEF.

Należy jednak zaznaczyć, iż jeżeli podatnik nie wystawi faktur ustrukturyzowanej w KSEF lub nie prześle jej do KSEF w terminie tuż po awarii (lub innej niedostępności KSEF), lub prześle ją w postaci niezgodnej ze wzorem KSEF wówczas nie spowoduje to wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwa skarbowe lub wykroczenia skarbowe.

Natomiast karę pieniężną podatnik, który dokonał ww. uchybienia ma obowiązek uregulować i to bez wezwania naczelnika urzędu skarbowego, na rachunek bankowy właściwego urzędu skarbowego w terminie 14 dni od dnia doręczenia decyzji o nałożeniu tej kary.

Do postępowania w sprawie nakładania kar pieniężnych znajdą zastosowanie przepisy działu IV ustawy z dnia 29.08.1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r. poz. 111).

Należy jednak wspomnieć o pewnych dwóch terminach:

1. powyższe zasady nakładania kar znajdą zastosowanie od 1 stycznia 2027r.,
2. w okresie od 1 lutego 2026r. do grudnia 2026r. nakładanie kary pieniężnej będzie odbywało się według przepisów działu IVA ustawy z dnia z dnia 14.06.1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (Dz. U. z 2024 r. poz. 572).

Otrzymanie faktury wystawionej poza KSEF a PIT

Wielu przedsiębiorców – nabywców ma wątpliwości, czy jeżeli sprzedawca wystawi fakturę poza KSEF, kiedy to będzie zobligowany do wystawienia w KSEF a nabywca otrzyma tę fakturę to czy będzie mógł:

1. zaliczyć jej wartość do kosztów uzyskania przychodów,
2. odliczyć podatek VAT naliczony zawarty w tej fakturze.

Póki co ustawodawca nie usankcjonował nabywców w tej kwestii to znaczy, nie zostały przewidziane negatywne skutki, jeśli chodzi o możliwość zaksięgowania kosztu wynikającego z otrzymanej faktury wystawionej poza KSEF, czyli wbrew obowiązkowi wystawienia w KSEF.

Zatem nabywca musi przeanalizować, czy spełnia dotychczasowe (ustawowe) warunki uznania poniesionego wydatku udokumentowanego fakturą wystawioną przez sprzedawcę poza KSEF a mianowicie:

• muszą być poniesione na cele prowadzonej działalności gospodarczej,
• muszą być ostateczne, czyli faktycznie poniesione przez przedsiębiorcę,
• powinny być poniesione na cele prowadzonej działalności,
• musi istnieć związek przyczynowo-skutkowy pomiędzy wydatkiem a przychodem,
• powinny być poniesiony w celu osiągnięcia przychodów lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów,
• nie znajdują się w ustawowym katalogu wydatków wyłączonych z kosztów uzyskania przychodów,
• muszą być właściwie udokumentowane.

Otrzymanie faktury wystawionej poza KSEF a odliczenie VAT

W podatku VAT sprawa otrzymania faktury wystawionej przez sprzedawcę poza KSEF (wbrew obowiązkowi) wywołuje podobne skutki.

To oznacza, że póki, co bez wpływu na prawo do odliczenia podatku VAT z otrzymanej faktury pozostaje wystawienie przez sprzedawcę faktury poza KSEF, a więc wbrew obowiązkowi.

Tak, więc jeżeli przedsiębiorca – nabywca otrzyma fakturę za poniesiony wydatek a faktura ta została przez sprzedawcę (wbrew obowiązkowi) wystawiona poza KSEF wówczas nabywca będzie miał prawo do odliczenia podatku VAT oczywiście według dotychczasowych zasad, czyli:

1. przeznaczy wydatek udokumentowany tą fakturą na cele działalności – na sprzedaż opodatkowaną VAT (albo opodatkowaną i zwolnioną z VAT), oraz
2. nie zaistnieją negatywne ustawowe przesłanki zawarte w art. 88 ustawy o VAT, oraz
3. nie przeznaczy na cele prywatne.

Potwierdza to chociażby stanowisko Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej zawarte w interpretacji indywidualnej z dnia 12.08.2025r. o sygn. 0114-KDIP1-3.4012.507.2025.1.JG w którym to stwierdza, iż „[…] W tym miejscu należy jeszcze raz wskazać, że prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktury uzależnione jest od spełnienia warunków wynikających z przepisu art. 86 ust. 1 ustawy, a także od niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy. Przepis art. 88 ustawy enumeratywnie określa listę przypadków, w których podatnik został pozbawiony prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Jednakże nie wymienia opisanego we wniosku przypadku, gdy podatek naliczony wynika z faktur dokumentujących nabycie towarów i usług, wystawionych wbrew obowiązkowi, bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur jako przesłanki negatywnej, powodującej utratę prawa do odliczenia podatku naliczonego (w sytuacji, gdy faktura odzwierciedla prawdziwe zdarzenie gospodarcze).

Mając na uwadze powołane przepisy prawa w kontekście przedstawionego opisu sprawy stwierdzić należy, że Spółce (czynnemu podatnikowi podatku VAT) będzie przysługiwało - na podstawie art. 86 ust. 1 bądź art. 86 ust. 1 pkt 8 ustawy - prawo do odliczenia kwoty podatku naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych dokumentujących nabycie towarów i usług wystawionych wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, wykorzystywanych przez Spółkę do czynności opodatkowanych w ramach prowadzonej działalności gospodarczej. Wystawienie Faktur Zakupowych wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, nie pozbawia Państwa prawa do odliczenia podatku naliczonego, gdyż nie stanowi to negatywnej przesłanki, uniemożliwiającej odliczenie tego podatku, wymienionej w art. 88 ustawy.

Powyższe wynika z faktu, że dla istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktury (nawet w przypadku wskazanym wyżej), obok fundamentalnych przesłanek takich jak status odliczającego jako czynnego, zarejestrowanego podatnika VAT i związek zakupionych towarów i usług z czynnościami opodatkowanymi (u odliczającego) i faktycznie zrealizowana transakcja, to również najistotniejsze jest to, by nabyta usługa lub towar podlegały opodatkowaniu i nie korzystały przy tym ze zwolnienia od tego podatku.

Ponadto prawo do odliczenia przysługuje również, jeżeli importowane lub nabyte towary i usługi dotyczą dostawy towarów lub świadczenia usług przez podatnika poza terytorium kraju, jeżeli kwoty te mogłyby być odliczone, gdyby czynności te były wykonywane na terytorium kraju, a podatnik posiada dokumenty, z których wynika związek odliczonego podatku z tymi czynnościami. Prawidłowe wystawienie faktury papierowej, elektronicznej czy ustrukturyzowanej pod kątem formalnym i materialnym, stanowi spełnienie jednej z przesłanek do skorzystania z prawa do odliczenia. Jej wystawienie bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur nie powoduje jednak tego, że wadliwie wystawiony dokument nie stanowi dowodu istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego. […]”.

Potwierdza to także stanowisko Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej wyrażone w interpretacji indywidualnej z dnia 10.04.2025r. o sygn. 0111-KDIB3-3.4012.30.2025.3.MPU czy też  stanowisko Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej wyrażone w interpretacji indywidualnej z dnia 04.03.2025r. o sygn.  0114-KDIP1-3.4012.838.2024.1.MPA

Słowo o negatywnych przesłankach ograniczających odliczenie VAT

W aktualnym stanie prawnym ustawodawca nie wymienia wystawienia faktury poza KSEF w przypadku takiego obowiązku jako przesłanki do ograniczenia odliczenia podatku VAT. Stąd wciąż obowiązują dotychczasowe (wyżej wymienione) zasady odliczenia podatku VAT naliczonego z otrzymanej faktury.

Przypominając natomiast o negatywnych przesłankach ograniczających odliczenie podatku VAT mowa tu o art. 88 ustawy o VAT. Zgodnie z tym przepisem czynnemu podatnikowi VAT nie przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT z faktury dokumentującej nabycie usług noclegowych i gastronomicznych, z wyjątkiem nabycia gotowych posiłków przeznaczonych dla pasażerów przez podatników świadczących usługi przewozu osób albo usług noclegowych nabywanych w celu ich odprzedaży opodatkowanych podatkiem VAT u tego podatnika (np. refaktura).

Prawo do odliczenia podatku VAT z otrzymanej faktury u nabywcy - czynnego podatnika VAT nie może być zrealizowane w przypadku, gdy:

1. sprzedaż została udokumentowana fakturami lub fakturami korygującymi wystawionymi przez podmiot nieistniejący,
2. transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku,
3. faktury, faktury korygujące wystawione przez nabywcę zgodnie z odrębnymi przepisami nie zostały zaakceptowane przez sprzedającego,
4. wystawiono faktury, w których została wykazana kwota podatku w stosunku do czynności opodatkowanych, dla których nie wykazuje się kwoty podatku na fakturze - w części dotyczącej tych czynności,
5. wystawione faktury, faktury korygujące lub dokumenty celne:

• stwierdzają czynności, które nie zostały dokonane - w części dotyczącej tych czynności,
• podają kwoty niezgodne z rzeczywistością - w części dotyczącej tych pozycji, dla których podane zostały kwoty niezgodne z rzeczywistością,
• potwierdzają czynności, do których mają zastosowanie przepisy art. 58 i 83 Kodeksu cywilnego (przestępstwa skarbowe) - w części dotyczącej tych czynności.

Prawo do odliczenia podatku VAT z otrzymanej faktury u nabywcy - czynnego podatnika VAT nie może być zrealizowane również w przypadku, gdy otrzymał fakturę od podatnika – sprzedawcy niezarejestrowanego, jako czynny podatnik VAT.

Autor:

Krzysztof Ulicki

Źródła:

Ustawa z dnia 29.08.1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r. poz. 111).

Ustawa z dnia 23.04.1964 r. Kodeks cywilny (Dz. U. z 2025 r. poz. 1071).

Ustawa z dnia 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zmianami obowiązującymi od 1 lutego 2026r.).

Ustawa z dnia 26.07.1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2025 r. poz. 163).

Ustawa z dnia 6.03.2018 r. Prawo przedsiębiorców (Dz. U. z 2024 r. poz. 236).

Interpretacja indywidualna z dnia 12.08.2025r. o sygn. 0114-KDIP1-3.4012.507.2025.1.JG.

Interpretacja indywidualna z dnia 10.04.2025r. o sygn. 0111-KDIB3-3.4012.30.2025.3.MPU.

Interpretacja indywidualna z dnia 04.03.2025r. o sygn.  0114-KDIP1-3.4012.838.2024.1.MPA.